Spravuje rozsáhlé sbírkové fondy, které tvoří několik expozic ve Zlíně, v Malenovicích, ve Vizovicích, v Luhačovicích a na Ploštině. Přírodovědný fond pochází ze sbírek hraběte Seilerna, studijního ústavu firmy Baťa a vlastních regionálních výzkumů. Základem sbírky historické obuvi je kolekce firmy Baťa shromážděná ve 30. letech. Ojedinělá je specializovaná sbírka z historie orientačního běhu. Ve zlínském zámku je mimo oblastní náměty velice přitažlivá expozice dokumentů z cest ing. Hanzelky a Zikmunda. Tito slavní čeští cestovatelé spojili se Zlínem i část svého života, proto při zdejším muzeu vznikla nadace Odkaz Hanzelky a Zikmunda, která převzala správu nad jejich archivem.

Tato expozice má pro Zlín zvláštní význam. Sbírka vznikla ve dvacátých letech u firmy Baťa. Veřejně byla představena roku 1931 ve zlínském zámku. Do areálu a. s. Svit byla přemístěna v r. 1959. Seznamuje s historií obouvání a vývojem obuvi v Čechách od 15. Století, představuje obuv cizích národů, dokumentuje výrobu obuvi po stránce technické, zachycuje rozvoj průmyslové výroby obuvi na Zlínsku.

Unikátně zachovalý historický objekt ze 14. Století, kde jsou instalovány expozice archeologie, geologie, přírodovědy a historie jihovýchodní Moravy. Hradní prostory slouží příležitostně k atraktivním koncertům historické hudby a dalším kulturním produkcím.

Barokní zámek architekta F. A. Grimma, expozice bytové kultury různých historických slohů, porcelánu, rozsáhlé obrazárny barokních mistrů.